Das Museum für Gestaltung Zürich ist aus dem 1875 gegründeten Kunstgewerbemuseum der Stadt Zürich hervorgegangen. Von 1898 bis 1933 hatte das Museum keine eigenen Räumlichkeiten und war im Landesmuseum untergebracht. Danach bezogen das Museum und die seit 1878 bestehende Kunstgewerbeschule – die heutige Zürcher Hochschule der Künste ZHdK – das Gebäude von Adolf Steger und Karl Egender an der Ausstellungsstrasse, eines der markantesten Beispiele des Neuen Bauens in der Schweiz. Die Depots der vier Sammlungen blieben auch zu diesem Zeitpunkt auf verschiedene Orte im Kanton Zürich verteilt. 1968 eröffnete das Museum seinen zweiten Standort das Museum Bellerive am Zürichsee. In der ehemaligen Villa aus dem Jahre 1931 wurden die kunsthandwerklichen Objekte gelagert und in Ausstellungen die Schnittstelle zwischen Kunst, Kunsthandwerk und Design thematisiert. 

Im Jahr 2000 wechselte die Trägerschaft des Museums von der Stadt Zürich zum Kanton Zürich. 2014 wurden im neuen ZHDK-Campus im Toni-Areal in Zürich-West neue Ausstellungsflächen eröffnet und alle vier Sammlungen unter einem Dach vereint. Gleichzeitig stellte das Museum den Betrieb am historischen Standort Ausstellungsstrasse zwecks umfassender Renovation zeitweilig ein. Nach dem Umbau konnte das ehemalige Museum Bellerive an die Stadt Zürich zurück gegeben und im März 2018 das Stammhaus an der Ausstellungsstrasse feierlich wiedereröffnet werden. 

Seit Mai 2019 führt das Museum zusätzlich den Pavillon Le Corbusier, der in den Jahren zuvor umfassend renoviert und instandgesetzt wurde, im Auftrag der Eigentümerin Stadt Zürich als öffentliches Museum, um das Werk und die Ideen des Architekten und Künstlers Le Corbusier einem breiten Publikum zu vermitteln.

2025 feiert das Museum für Gestaltung Zürich sein 150-jähriges Jubiläum. Dies wird Anlass sein, die einmaligen Sammlungen des Hauses in noch nie dagewesener Form dem Publikum zugänglich zu machen. Am Standort Toni-Areal wird dazu, im bisher nicht zugänglichen Schaudepot, eine neue Dauerausstellung und ein Teil des spektakulären Archivs Einblick in den Reichtum und die Vielseitigkeit der Bestände geben.